國際植物表型網絡(International Plant Phenotyping Network,IPPN)近期發布的2018年度報告,現對其進行翻譯整理與廣大植物表型專家學者分享。

摘要
IPPN旨在促進全球范圍內重要植物表型中心之間的討論交流,并與來自學術界和工業界的表型科學家,用戶和技術開發人員進行討論。自上次會員大會以后主要活動包括:
3、2018年8月,IPPN新的包含工業界會員的行業法規得到了法律機構的正式承認。IPPN現在能擴大其成員基礎,吸收來自工業界的重要合作伙伴,這將更積極的促進植物表型圈內的工業界和學術界的交流合作。
4、建立和運行專題工作組。IPPN成員建立了基本的工作組主題。目前有五個工作組正在開展相關科研與業務活動,另有兩個正在籌備中。
5、擴展傳播活動。IPPN網站正在成為植物表型群落的重要信息平臺,例如,擁有表型設施的數據庫現在涵蓋了超過70個全球表型設備。 為了進一步傳播和促進植物表型活動,IPPN現在有一個Twitter賬號和一個YouTube頻道,可以觀看會議報告視頻。
6、擴展IPPN會員。目前,IPPN正致力于擴大其會員資格,并修改現行法規,下一步能夠促進工業界代表進入表型行業學術圈交流。
Ⅰ. 2018 IPPN主要活動
1.1國際植物表型研討會(IPPS)和表型會議
1.1.1基于第五屆IPPS的特刊
與第五屆IPPS相關的植物表型論文特刊將在《Frontiers of Plant Sciences》上發表。
1.1.2 阿德萊德研討會
IPPN在阿德萊德大學和澳大利亞國家植物表型設施(APPF)的同事們與IPPN辦公室合作,將于2018年10月組織第五屆IPPS。IPPN辦公室向阿德萊德的所有人表示感謝,他們使研討會成為可能。
1.1.3“IPPN紀念樹”
IPPN將在每屆IPPS會議舉辦地種植一顆紀念樹,并建立一個網站來展示這些紀念樹的生長過程圖。第一課紀念樹已經種植在尤利希。圖片會自動記錄下來并展示在網站上(https://www.plant-phenotyping.org/tree),其他地區的種植正在進行中。
1.2會員
1.2.1新成員
新的IPPN章程已經獲得法律機構的批準,IPPN歡迎來自學術界和工業界的新成員候選人:
1、學術界:Arvalis,Scion Research2、工業界:PhenoTrait,KeyGene,KWS,Biogemma,Seasol International PTY LTD
下一步:已邀請來自工業界的其他成員加入IPPN,我們期望很快收到進一步的申請。下一步將是在IPPN內建立工業屆部門(Industry Section),并在所有合作伙伴之間建立強有力的互動。
明年的另一個目標是增加尚未擁有的IPPN成員國家的會員數量,特別是來自發展中國家的會員。2016年墨西哥大會會議已經批準,發展中國家的會員減少到500歐元。
1.3支持工作組
工作組(Working Groups)制定年度計劃,并可在理事會批準后組織提議的所有活動。IPPN辦公室會為工作無組織的部分會議提供行政支持,包括向郵件列表發送通知、跟蹤活動以及請求業務計劃和預算等。
1.4對青年研究人員提供旅行補助
IPPN理事會決定支持青年研究人員(earlycareer scientists)獲得旅行補助金,以參加阿德萊德的第五屆IPPS。共收到了11份申請,理事會成員從中選擇了5位研究人員獲得2000歐元的旅行補助金,他們是
1、Pearl Abu, West Africa Centre for Crop Improvement, University ofGhana2、Clayton Carley, Iowa State University
3、Dr. Carson M. Andorf, United States Department of Agriculture-AgriculturalResearch Service
4、Nathália Penna Cruzato, Texas A&M University
5、Dorien Vanhees, University of Nottingham
根系工作組對其資金進行了充分利用,也選擇支持青年研究人員,為2018年7月在以色列舉行的第10屆國際根系研究大會提供了旅行補助金,他們是:
1、Olivia Cousins, University of Adelaide and University of Nottingham2、Dr. Benjamin Delory, Leuphana University
3、Emily Marr, Christ’s College, Cambridge
4、Dr. Oluwaseyi Shorinola, John Innes Center
5、Xinyu Wang, Key Laboratory of Vegetation Ecology, Northeast NormalUniversity
成像工作組組織了IPPN支持的CVPPPworkshop,并提供了資助給:
1、最佳墻報獎: Low-cost image annotation for supervised machine learning.Application to the detection of weeds in dense culture. Salma Samiei, AliAhmad, Pejman Rasti, Etienne Belin, David Rousseau2、最佳報告獎:Leaf counting: Multiple scale regression and detection using deepCNNs. Yotam Itzhaky, Guy Farjon, Faina Khoroshevsky, Alon Shpigler, AharonBar-Hillel
下一步:IPPN計劃讓更多的青年研究人員參與到IPPN組織的workshop中。
1.5交流
1.5.1網站更新
IPPN網站不斷擴展:
1、建立了IPPN網站上的活動和新聞頁面。 鼓勵所有IPPN成員向IPPN辦公室發送新聞和事件,并與整個社區分享;2、通過IPPN郵件列表發送了一些工作機會;
3、平臺數據庫包括來自全球各地的70多個表型裝置的描述; 正在重新配置數據庫的功能,以便成員可以編輯自己的平臺列表;
4、增加了內聯網,添加了IPPN內部文件;
5、提供會議注冊和摘要管理工具,以支持組織工作組活動和未來IPPS活動的會議;
6、專家數據庫即將完成,以使IPPN成員能夠描述他們的活動和簡介。
1.5.2社交媒體和互聯網
為了幫助向更廣泛的受眾傳播IPPN的信息并分享IPPN會員的活動,我們建立了一個Twitter帳戶。
為了分享IPPN活動中的學術報告,IPPN建立了YouTube頻道。 您可以在頻道上找到研討會和學術會議的報告視頻。
Twitter:https://twitter.com/I_P_P_N
YouTube:https://www.youtube.com/channel/UC7uUa8CGxCuGCgT4YVUffwQ
1.6IPPN的管理
IPPN的日常財務任務通過DATEV系統進行管理,以實現專用和安全的會計工作。它連接到IPPN銀行賬戶,可以跟蹤賬單和發票以及會員費。該系統也可由IPPN保留的法律和會計公司遠程訪問。這家公司NS+P(位于德國亞?。┮补芾砹擞嘘P新的包含工業界會員法規的法律問題。
在春季和夏季舉行了專門的理事會會議,以協調IPPN辦公室與理事會的活動,并討論阿德萊德研討會的規劃。
Ⅱ. 2019年IPPN辦公室活動計劃
IPPN辦公室估計,在2019年最多可有15名新成員登記。這些新成員中的大多數來自工業界,還有一些來自學術界和發展中國家。
2019年IPPN辦公室擬定目標:
1、繼續支持既定工作組并加強最近啟動的工作組;將新成員納入工作組的活動。2、建立新的工作組:我們希望啟動新的工作組,現有的工作組將促進其活動,以便在2019年底之前開展大約8到10個專門的工作組活動,并得到IPPN管理辦公室的支持。
3、開展培訓活動——理想的實踐操作。IPPN將與工作組密切互動,專門促進培訓活動的發展。這些活動應針對引入和招募更多年輕研究人員進行植物表型分析,確定培訓需求,并發現如何滿足不斷增長的需求。
4、繼續支持青年研究人員。與去年一樣,IPPN將進一步為青年研究人員提供旅行補助金,使他們能夠在IPPN活動中展示他們的工作。
5、鼓勵與工業界的聯系。為了利用工業界會員的優勢,IPPN還將投入各種活動,探索專門用于鼓勵和支持工業界-學術界互動的研討會的機會。
6、改善新興國家的成員資格。來自發展中國家的成員數量很少,IPPN希望開展吸引包括發展中國家成員的活動,以擴大植物表型合作伙伴關系。
7、加強與植物表型相關的國家、區域和國際計劃的互動,以及與小麥倡議(Wheat Initiative)等相關作物計劃的互動。
8、進一步促進交流。 IPPN將促進網站之外的溝通,收集相關信息并與社區共享。
IPPN辦公室的發展
如果工業界會員數量顯著增加,則有機會進一步加強IPPN辦公室的工作模式。重要的一步是雇用一名具有科學背景的全職人員以支持理事會的工作,推動新的發展,促進工作組的活動,以及由于成員的增加和互動而處理增加的行政任務,評估和建立培訓活動,制定包括發展中國家的成員的發展戰略。這將由理事會根據收入和預算來進行評估。
Ⅲ. 工作組
3.1低成本表型技術研究小組
目標:本工作組側重于低成本和便捷的表型技術,以加強傳播現代表型的概念和方法。應該解決更廣泛的植物科學和繁殖群體直接獲取和使用現代表型裝置和概念的需求,以滿足表型技術多樣化需求。
2018年活動
1、在阿德雷德會議上組織一個衛星會議http://www.ipps2018.com.au/agenda
2019年計劃
1、在墨西哥第4屆IPPS會議特刊(ReynoldsD et al, 2018, Journal of Plant Science)之外,計劃于2019年撰寫一篇論文介紹低成本方法的新興需求和示例應用。這仍然是明年工作組的主要工作內容。3.2表型影像工作組
目標:工作小組的目的是通過為開發者和用戶提供一個討論新出現的挑戰、方法、技術和應用的論壇,來推進基于圖像的植物表型的方法研究。通過設立這個工作組,國際社會將有一個在項目之外進行互動的平臺,這通常只持續幾年。
2018年活動
1、成像工作組組織了一系列涵蓋相關主題的在線網絡研討會。這些網絡研討會增加了網絡和信息共享。會員可以觀看國際專家的現場報告,提出問題,并通過音頻和文字聊天工具討論問題。2018年,成像工作組組織了三次網絡研討會:
-2018年6月:Deep Learning Approaches for Image Segmentation and Object Countingin Plant Phenotyping by Ian Stavness
-2018年4月:The de.NBI/ELIXIR Service "PGP" for Phenomics DataPublication by Daniel Arend
-2018年2月:Quantifying Variation of Crop Resilience Under Temperature Stress byMalia Gehan
2、成像工作組計劃在未來開展更多網絡研討會,涵蓋相關主題,旨在發揮指導作用,增加網絡和信息共享。3、工作組在BMVC舉辦了IPPN支持的研討會,共有7個口頭報告,17個海報和主題演講(“Image-based structural plantphenomics, and why we’re asking the wrong questions”,Antonvan den Hengel)。相關論文在https://www.plant-phenotyping.org/CVPPP2018-programme
4、成像工作組將在第5屆IPPS上組織一個分會場
2019年計劃
1、將組織更多的網絡研討會
3.3根系表型工作組
目的:IPPN內的根系表型工作組旨在成為一個論壇,以確定根系表型研究的科學和技術邊界,推進根系表型分析,加快應對全球農業和環境挑戰的使用。
2018年活動
為了支持青年研究人員,根系工作組再次向參加在美國密蘇里州舉行的IPG根生物學會議的三位獲獎者提供旅行補助金。他們是
1、Dr. Shirley Nichols fromAgResearch in New Zealand,2、Dr. Mina Rostamza from the University of Purdue, a
3、Ms. Hannah Schneider from PennState University (with FZJ)
這三位獲獎者均在密蘇里會議上展示了墻報。
同時,根系工作組正式邀請Noble研究所的Larry York加入根系工作組委員會。
2019年計劃
1、在第5屆IPPS會議上,根系工作組和APPF一起將組織實地考察。2、根系表型研討會:美國俄克拉荷馬州阿德莫爾的Noble研究所提出在2019年3月至6月期間舉辦一個研討會。研討會將包括學術報告和現場實踐?;镜母当硇头治霭ā癰luepaper”法,根盒,根冠表型,土柱取樣,洗滌,掃描等。我們將嘗試解決跨實驗室擴展的方法,從affordable到昂貴。嘗試從頭到尾親自動手。包括一些圖像分析和統計分析。
3、白皮書:工作組正在編寫一份白皮書‘How to get FAIR principles of data management into practice?’,并與資助機構、全球研究組織(如CGIAR)和其他利益相關方進行溝通。
3.4種子表型工作組(SPWG)
目的:種子表型工作組的主要目標包括
1)為IPPN會議提供建設性的意見,并闡述利用新技術發展種子庫和創新農業的好處;
2)在表型數據方面促進種子庫的數據共享和交換,互用性,數據使用,數據分析和最佳實踐;
3)通過合作、倡導、研究、開發和實施多學科的資源和機會,建立一個植物表型支柱模型。
2018年活動
1、種子表型工作組在第5屆IPPS上組織一個分會場(包括旅行補助金)2、已與國際種子測試協會(ISTA)建立聯系,以確定對種子表型感興趣的合作。舉行了兩次電話會議和一次與ISTA總干事的f2f會議。
3、正在進行與DivSEEK種子表型工作組的討論和互動
4、11月,計劃與全球作物多樣性信托基金會面交流。
2019年計劃
1、繼續發展戰略聯盟和伙伴關系,以促進種子表型分析,并通過聯合研究和學術出版實現技術進步的更大影響。2、將安排工作組會議——最有可能是在戰略伙伴關系的背景下
3.5國際受控環境植物表型組(ICEPPG)
目的:ICEPPG專注于評估在明確的實驗條件下模擬各種現在和未來氣候情景的植物性能特征,旨在將擴學科的研究人員(植物遺傳學家,(生態)生理學家,發育生物學家,農學家,氣候研究人員,土壤科學家,生物信息學家和生物學家以及傳感器技術開發人員)聚集在一起在受控環境中運行能夠模擬不同環境的表型設施(平臺),共同建模植物發育和生理過程和氣候變化的關系。
2018年活動
1、將在第5屆IPPS會議上組織一個衛星會議
2019年計劃
1、待定
3.6 IPPN數據管理工作組(IDaM)
目的:進行中
活動:進行中
3.7 植物表型技術工作組
目的:進行中
活動:進行中
2018年計劃:在第5屆IPPS上啟動工作組,并設定工作組目標。